地球历2110年。成功进入宇宙的人类，把多个资源小行星收归入囊，他们认为这样就与未来和繁荣挂钩了。　　但是，在外宇宙的桥头保——木星圈，自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌鲁加尔袭来，使得地球陷入了关乎存亡的危机。　　这时候，通过操控遗传基因而适应宇宙的人类诞生了，因此成立了特务机关MJP，而其下

总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。　　4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。