故事发生在今世与来世之间的三洲川。武士家族斯波家世代与外州作战，族长斯波净流（又名真剑红）每天都与外州的主力七无组战斗。族中智者日下部彦真（Hikoma Kusakabe）察觉到外族进一步入侵的迹象，建议净流召集臣民抵抗，但净流因内心的矛盾拒绝了这一提议。一天，外岛首领们终于醒悟，发动了全面进攻。眼

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……　　另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈